FN:s fackorgan är liksom FN förbund av stater, som har hand om det mellanstatliga samarbetet inom bestämda ämnesområden. De är separata och självständiga organisationer men samarbetar med FN genom speciella avtal.

Fackorganen har egna huvudkvarter, sin egen styrelse och församling, och de finansieras genom bidrag från medlemsstaterna. Några av fackorganen fanns långt före FN:s tillkomst - det äldsta är Internationella teleunionen (ITU), som grundades redan 1865 -  och några har tillkommit mycket senare - yngst är Världshandelsorganisationen (WTO) grundad 1995.

Fackorganen ansluts till FN genom särskilda avtal, som förhandlas fram av ECOSOC. Den administrativa samordningen av hela FN-organisationen inkluderande fonder, program och fackorganens verksamhet sköts av den administrative samordningskommittén - The United Nations System Chief Executives Board for Coordination (CEB) med den tidigare benämningen Administrative Committee of Coordination (ACC), som utgörs av FN:s generalsekreterare som ordförande och cheferna för de olika enheterna.

Ett gemensamt kontrollorgan för FN och fackorganen är inspektionsenheten -
Joint Inspection Unit (JIU).

Fackorganen har även sin egen publikationsverksamhet och sina depåbibliotek,
som brukar utgöras av de stora specialbiblioteken för respektive  fackorgans
ämnesområde inom varje medlemsstat.